La estructura del GCTH estará conformada por las siguientes instancias:

1.- Asamblea General

2.- Secretaría Ejecutiva

3.- Cuatro Referentes Subregionales (RSR), siendo uno por subregión (América Andina, Mercosur, América Central/México y el Caribe)

4.- Secretaría Técnica Administrativa Permanente del GCTH

5.- Una representación por las redes regionales con voz, pero sin voto, a fin de poder articular acciones.

La Asamblea General estará compuesta por los representantes de los programas nacionales u homólogos de cada país miembro del GCTH, siendo esta la instancia superior en la toma de decisiones para su desarrollo y funcionamiento. Las redes regionales participarán con voz, pero sin voto. Podrán participar de las reuniones de la Asamblea General, en calidad de observadores, representantes de organismos y agencias internacionales, así como otros invitados que los miembros de la Asamblea General evalúen pertinentes.

La Secretaría Ejecutiva y los Referentes Subregionales trabajarán en colaboración, aconsejando y acompañando en la ejecución de las actividades a fin de asegurar la continuidad de estas en el futuro, independientemente del país que presida el GCTH.

Con el fin de facilitar la articulación con la Secretaría Ejecutiva, las redes que integren el GCTH podrán designar un representante, con el fin de mejorar el diálogo, la comunicación y la información entre la estructura de gobernanza del GCTH y las redes. Podrá participar de las reuniones de la Secretaría Ejecutiva y de los Referentes Subregionales con voz, pero sin voto.

De acuerdo a los estatutos del GCTH podrán ser admitidos nuevos miembros, siempre que presenten una manifestación formal de interés ante la Presidencia del GCTH, que deberá someterla a consideración de las/los miembros de la Asamblea General.